El presente trabajo busca analizar la descoordinación entre el derecho ambiental y el derecho urbanístico a partir de la relación entre la protección de humedales urbanos y la aprobación de permisos urbanísticos. Además, pretende analizar y criticar la jurisprudencia mayoritaria que, con la finalidad de resolver la descoordinación, recurre a un método interpretativo dudoso que produce dificultades importantes, debilitando la fuerza de las reglas jurídicas. Se propone que los problemas regulatorios deben resolverse mediante reformas que partan de un reconocimiento inicial de las particularidades de cada sector de referencia.